根据《人民检察院刑事诉讼规则》(以下简称《规则》)第一百三十四条，“人民检察院决定不予立案的，如果是被害人控告的，应当制作不立案通知书，……同时告知本院控告申诉检察部门。控告人如果不服，可以在收到不立案通知书后十日以内申请复议。对不立案的复议，由人民检察院控告申诉检察部门办理，并在收到复议申请的三十日以内作出复议决定。”
2003年7月11日最高人民检察院又公布了《人民检察院控告申诉首办责任制实施办法(试行)》(以下简称《办法》)，其中第五条第二款规定：“最高人民检察院管辖的控告、申诉，控告申诉检察厅按照《最高人民检察院内设机构处理来信来访分工暂行办法》的规定，分别移送本院有关部门办理，地方各级人民检察院对本院管辖的控告、申诉，应参照上述办法规定的分工原则，确定首办责任部门办理”。而《最高检内设机构处理来信来访分工暂行办法》第八条规定：“侦查监督厅负责处理下列来信和来访：……(四)不服公安机关或检察机关不立案决定，经省级人民检察院复查仍然不服的。”
上述两个规定似乎相互矛盾，实践中究竟应如何处理，容易产生较大分歧。有人认为前者是正式规则，后者是检察机关内部的暂行办法，效力弱于前者，在二者冲突的情况下，应优先适用前者。应根据《规则》，对不服人民检察院不立案决定的复查，都由控申部门处理。有人则认为后者公布较晚，根据后法优于前法的原则，应适用《办法》，由侦查监督部门办理。刑事辩护律师认为这两种说法都不完全正确，欲就此问题作一探讨。
对检察机关不立案决定的复议属于刑事立案监督工作的范畴。要搞清上述问题，应首先明确控申部门和侦查监督部门在刑事立案监督工作中的职责和相互关系。
《规则》第三百七十三条规定：“被害人认为公安机关对应当立案侦查的案件不立案侦查，向人民检察院提出的，人民检察院控告申诉部门应当受理，并根据事实和法律进行审查。审查中，可以要求被害人提供有关材料，进行必要的调查，认为需要公安机关说明不立案理由的，应当将案件移送审查逮捕(侦查监督)部门办理。公安机关说明不立案的理由后，审查逮捕(侦查监督)部门认为公安机关不立案理由成立的，应当通知控告申诉部门，由控告申诉部门在十日内将不立案的理由和根据告知被害人;……”
本条说明，对不服公安机关作出的不立案决定的案件，由侦查监督部门负责实质性的审查，控申部门负责受理、前期审查、分流和善后工作，主要起纽带作用。而根据《规则》第一百三十四条，对检察机关自侦案件的立案监督工作则主要由控申部门负责;1998年10月21日《最高人民检察院关于完善人民检察院侦查工作内部制约机制的若干规定》第五条也有相关规定：“控告申诉检察部门承担有关单位或个人不服人民检察院的不立案、撤案决定的复议、复查工作”。
第二，应充分认识到对检察机关自侦案件立案监督工作的特殊性。对不服检察机关不立案决定的复议、复查，既不是控申部门管辖的刑事申诉复查程序，也不同于行政复议，它是检察机关内部一种特殊的审查程序。
根据《人民检察院复查刑事申诉案件规定》，刑事申诉是指“申诉人对人民检察院诉讼终结的刑事处理决定或对人民法院发生法律效力的刑事判决、裁定不服，依法提出重新处理的请求”。而2003年8月19日《最高人民检察院刑事申诉检察厅关于邵业科申诉案请示的批复》明确指出：不立案决定是案件不进入诉讼程序的决定，不是诉讼终结的刑事处理决定。对不立案决定做出的复议决定，也不是人民检察院诉讼终结的刑事处理决定，不属于《人民检察院复查刑事申诉案件规定》第五条第(四)项规定的“人民检察院其他处理决定”。
该《批复》同时指出，不服不立案决定及对不立案决定作出的复议决定，不属于刑事申诉(控告申诉)部门管辖的刑事申诉案件，不适用刑事申诉案件复查程序。1999年9月13日《最高人民检察院研究室关于适用〈规则〉第一百三十四条有关问题的复函》(以下简称《复函》)中也表达了相同的观点。
以上两个文件中着重说明的是，不服不立案决定及对不立案决定作出的复议决定的性质及其复查适用程序的特殊性，但并不否认由控告申诉部门负责处理不服不立案决定的复议。
综上所述，对不服检察机关不立案决定的复议应由控告申诉部门负责这一点应无疑义，关键在于如何理解适用《办法》。
综合全文，对检察机关不立案决定的监督应遵循以下程序：
人民检察院决定不予立案的，应由侦查部门将不立案通知书在十五日内送达被控告人，同时告知本院控告申诉检察部门;控告人不服人民检察院不立案决定的，可以在收到不立案通知书后十日以内向人民检察院控告申诉部门申请复议，控告申诉部门应在三十日以内作出复议决定;根据《复函》第二条，被害人在十五日以外申请复议的，人民检察院经审查仍可以受理;控告人对上述复议决定仍然不服，向上一级人民检察院申请复查的，上一级人民检察院经审查后也可以受理;上一级人民检察院应由侦查监督部门负责处理不服复议决定的案件。
